אלו הם ימיה האחרונים של שכונת הארגזים בתל-אביב שכונה מוזנחת, וענייה שלתושביה שם של עבריינים ופולשים ,שכונה שהעירייה ניסתה מאז ומתמיד למחוק מן המפה. אדמת השכונה נמכרה לקבלן וכל מה שנותר לו לעשות הוא לפנות את האנשים מאדמתם ולשכן אותם בכמה מגדלים בני שבע עשרה קומות שיבנה על אותה אדמה עצמה.

הסרט מלווה את אורלי, אחותה של הבמאית החיה בשכונה, בבית קטן שהוריש הסבא ומנסה לברר מה יעלה בגורל ביתה ; את יצחק, הדוד שלהן, (שבשכונה מכנים "פופאי") אשר בנה במו ידיו את בתיה המאולתרים של השכונה ואת מאבקו העיקש להתעלם מרוחות השינוי; את אושרי, הדוור של השכונה, במסעו האין סופי ברחובותיה המשתנים חדשות לבקרים ואת עו"ד עובדיה שקורא לתושבי השכונה להתאגד ולהלחם יחד.

במשך שלוש שנים נלחמים עובדיה והתושבים בעירייה ובקבלן במאבק ציבורי ומשפטי שהפך לקרב של חייהם. הם נלחמים על הזכות הבסיסית לבחור האם להתפנות או לא ותוך כדי כך מגלים את הכוח שיש בחתירה למטרה משותפת. במהלך המאבק מגלות האחיות את הקשר שלהן לשכונה ולאדמתה דרך היומנים הישנים שכתב אביהם ז"ל ודרך החצר של פופאי, אשר בה הזמן עומד מלכת.
"חיים בארגזים" מלווה את האנשים שמרכיבים את הריקמה האנושית של אחת השכונות האמיתיות האחרונות בארץ. הכפר הקטן הקיים כבר ששים שנה ומפרפר את פרפורי הגסיסה האחרונים שלו בתוך מלתעות מפלצות הנדל"ן ומעמיד מראה המשקפת את יחסה של מדינת ישראל למי שגר במקום הלא נכון.