כתמים מספר את סיפורה של עדינה, בחורה כהת עור, המחפשת אהבה, בעולם לא מתפשר. בילדותה רצתה להיות בהירת עור כשאר הבנות בכיתתה, ובגיל 18 משאלתה התגשמה. היא אובחנה במחלת הויטיליגו, מחלה שבה הגוף מפסיק לייצר צבע עור, ומופיעים כתמים לבנים.

עדינה יוצאת למסע בהגדרת זהותה. במהלך הסרט היא נפגשת עם בועז, אלמן אתיופי, שצבע עורו השתנה לחלוטין ללבן כתוצאה מאותה מחלה. שניהם מתמודדים עם שאלה של מה להיות כאשר המחלה חוזרת או נסוגה ומכריחה אותם לבחור בצבע עור ובזהותם בחיפוש אחר אהבה וקבלה.