זהו סיפור עלייתה ונפילתה של המדרשיה, ספינת הדגל של הציונות הדתית בישראל, "אם הישיבות התיכוניות", סיפור לא יאמן על מוסד חינוכי אליטיסטי ומפואר – שהפך בשנותיו האחרונות לבית ספר משוגע, שהכאוס והאלימות משמשים בו בערבוביה.
"ימי תום" מתאר את סיפורם של צעירים וצעירות שהתגייסו לצבא למרות הזרות שחשו אל העולם הצבאי ובניגוד לצו מצפונם. הסרט מסופר בקריינות המבוססת על כתבים שנמצאו לאחר מותם במהלך השירות הצבאי.